Het bestuur van Stichting VanPernisGelderblom bestaat uit een voorzitter, secretaris en penningmeester. Bestuursleden ontvangen geen beloning voor hun werkzaamheden; alleen gemaakte kosten kunnen worden vergoed. De stichting is geregistreerd als ANBI (RSIN 852727161) en publiceert beleidsplan, jaarverslagen en financiële stukken openbaar.
Het bestuur komt tweemaal per jaar bijeen. Tijdens de vergadering worden alle binnengekomen aanvragen besproken. Beoordeeld wordt op basis van de doelstellingen en het beleid van de stichting en de aanwezige middelen. Het bestuur zorgt ook voor het accorderen van het jaarverslag.
Het secretariaat maakt verslag van de bestuursvergaderingen en informeert de aanvragers over de genomen besluiten.